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plink gwas分析

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如何在GWAS画曼哈顿图和QQ图分析使用Python如何在GWAS画曼哈顿图和QQ图分析使用Python这些命令在linux下都很好用，但是只要在windows下启动oracle服务，数据库就已经启动了，即使用shutdown关闭数据库后想重启oracle，也必须先关闭win服务才能启动，但是不允许启动 。

1、5.GWAS:群体结构——Admixture随着技术的发展，构造速度缓慢，无法满足大量分子标记计算的需要 。因此，外加剂逐渐成为群体结构分析的主流软件 。本文将介绍如何通过混合物计算基团结构 。在plink中，vcf文件转换为 。ped或者 。外加剂要求的床型 。拿着 。以ped为例，vcf输入文件名allowextrachr允许染色体以其他格式 ， 如scaffoldrecode12二进制编码输出文件名autosomenum来设置染色体数目 。默认的人类染色体数目将为每个k值生成两个文件 。p和 。QP:存储推断祖先群体的等位基因频率Q:每个样本中每个祖先群体的百分比 。
【plink gwas分析】
2、GWAS 分析(R包GAPIT第一行是表头，第一列是个体编号，每隔一列有一个表型，用Tab键分隔 。StandardHapMapformat或numericformat是可接受的 。第一个，HapmapFormat 。基因型数据之前有11列数据 。虽然这11列数据必须有，但读取时只读取1、3、4列的数据，其余数据可以用NA填充 。此外，基因型数据可以是双碱基或单碱基的形式，如下表所示:第二种类型，Numericformat 。

没有表头数据 ， 代表的是亲属关系的矩阵 。包含协变量的文件 ， 包括诸如人口结构等信息 。第一列是个人的名字 ， 其后的每一列是协变量的值 。具体操作:表型文件不详细 ， 作者以numericformat格式重复基因型文件的生成方法 。以上操作会生成三个文件，分别是xx_matrix.012、xx_matrix.012.pos和xx_matrix.012.indv 。

3、【豆科基因组】大豆适应性位点GWAS 分析[转载]本文利用99085个优质SNPs，按照结构、PCA和neighborhood joining tree分析的群体结构将地方品种分为三个亚组，表现出地理遗传分化 。通过使用从纬度差为10°的两个地点(北京和武汉)收集的表型数据，鉴定了17个与开花时间性状相关的SNPs ),包括稳定的基因位点Chr12和以前未检测到的开花基因E1和E2附近的候选基因 。

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